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본교의 전신, 고려신학교
1946년 5월, 주남선 목사 한상동 목사 등 여러 인사가 고려신학교 설립 기성회를 조직하였고, 이어 6월 23일부터 박윤선 박사의 주도로 제1회 하기 신앙강좌가 열려 고려신학교 개교의 기초가 확립되었다. 이후 1946년 9월 20일, 일제의 신사참배 강요에 항거하여 투옥되었던 주남선 목사, 한상동 목사 등 옥중 지도자들의 특별 기도회가 결실을 맺어 부산에서 고려신학교가 개교되었다. 본교는 이 고려신학교를 본교의 전신으로 삼는다.
반고소 고려 총회 설립과 서울에서의 고려신학교 개교
1973년 고신 총회에서 발생한 신자 간의 불신법정 고소에 대한 문제가 해결되지 않는 가운데, 1974년 반고소 고려 측 총회가 설립되었다. 아울러 고신대학 인가 과정과 맞물려 부산에서 폐교되었던 고려신학교가 1976년 3월 9일 서울에서 다시 개교하였다. 1976년 4월 12일에는 고려신학교 교사가 서울 종로구 평창동 111번지 삼각산 제일기도원 별관으로 이전되었으며, 같은 해 4월 14일 복교추진위원회에서 위촉한 이사들과 교수 전원이 교정에서 고려신학교 현판식 예배를 드렸다. 본교는 이 시기를 본교의 개교 시기로 삼는다.
아카데미 캠퍼스 건립
학교의 성장에 따라 아카데미 캠퍼스(파주)를 경기도 파주군 파평면 늘노리 산2번지에 건립하기로 결정하고, 1989년 7월 17일 기공예배를 드렸다. 이후 1990학년도 제2학기 개강예배를 이곳에서 드린 뒤 전교생이 입소하여 수업을 시작하였다. 1991년 6월 20일 준공감사예배를 드렸으며, 이어 1993년 말부터 본관 및 도서관 증축공사를 시작해 1994년 7월 4일 준공을 완료하였다.
학교법인 우성학원 설립 및 제네바신학대학원대학교 개교
2016년 11월 1일 학교법인 우성학원을 설립하고, 2017년 3월 7일 교육부 인가를 받아 교명을 ‘제네바신학대학원대학교’로 변경한 후 정식으로 개교하였다.
제네바신학대학원대학교 개교 후 약사
| 2016년 11월 01일 | 석기현 초대 이사장 취임 |
| 2017년 03월 07일 | 강구원 초대 총장 취임 |
| 2017년 03월 04일 | 평생교육원 개설(서울 강서구 화곡로 63길 19) |
| 2018년 11월 04일 | 석기현 제2대 총장 취임 |
| 2018년 11월 04일 | 최창식 제2대 이사장 취임 |
| 2021년 02월 20일 | 이현돈 제3대 이사장 취임 |
| 2025년 02월 20일 | 정연철 교수 정년퇴임 |
| 2025년 10월 01일 | 신승욱 제3대 총장 취임 |
| 2026년 | 개교 50주년 |
